aaaaaa-acides nucléiques
- Biochimie
- Chimie organique
- Bioénergétique
- Composition de la matière vivante
- Composés organiques
- Transport membranaire
- Moteurs moléculaires
- Voies de signalisation
Pour chromatine
BiochimieChimie organiqueBioénergétiqueAcides nucléiquesNucléotidesADNARNChromatineStructure dynamique de la chromatineNucléosomesHistonesMembres des histonesCode des histonesChromosomesStructure des chromosomesCentromèreTélomèreProtidesGlucidesLipidesEnzymesCoenzymesVitaminesHormonesComposés inorganiquesTransport membranaireMoteurs moléculairesVoies de signalisation
Pour ARN
BiochimieChimie organiqueBioénergétiqueAcides nucléiquesNucléotidesADNARNStructure de l'ARNARN messager (ARNm)ARN de transfert (ARNt)ARN ribosomiques (ARNr)ARN régulateurs et fonctionnelsMaturation des ARNÉpissageÉditionÉpitranscriptomeTraductionSurveillance des ARNDégradation des ARNChromatineNucléosomesHistonesChromosomesProtidesGlucidesLipidesEnzymesCoenzymesVitaminesHormonesComposés inorganiquesTransport membranaireMoteurs moléculairesVoies de signalisation
Pour ADN
BiochimieChimie organiqueBioénergétiqueAcides nucléiquesNucléotidesADNStructureSynthèseOrganisation du génomeRéplicationTranscriptionÉpigénétiqueRéparation de l'ADNARNChromatineNucléosomesHistonesChromosomesProtidesGlucidesLipidesEnzymesCoenzymesVitaminesHormonesComposés inorganiquesTransport membranaireMoteurs moléculairesVoies de signalisation
Pour nucléotides
BiochimieChimie organiqueBioénergétiqueAcides nucléiquesNucléotidesBases azotéesPentosesDifférents nucléosidesDifférents nucléotidesBiosynthèse des nucléotidesVoies des sauvetageCatabolisme des nucléotidesADNARNChromatineNucléosomesHistonesChromosomesProtidesGlucidesLipidesEnzymesCoenzymesVitaminesHormonesComposés inorganiquesTransport membranaireMoteurs moléculairesVoies de signalisation
BiochimieChimie organiqueBioénergétiqueAcides nucléiquesNucléotidesADNRéplicationTranscriptionÉpigénétiqueRéparation de l'ADNARNARNmARNtARNrARN régulateurs et fonctionnelsMaturation des ARNÉpissageÉditionÉpitranscriptomeTraductionSurveillance des ARNDégradation des ARNChromatineNucléosomesHistonesChromosomesCentromèreTélomèresProtidesGlucidesLipidesEnzymesCoenzymesVitaminesHormonesComposés inorganiquesTransport membranaireMoteurs moléculairesVoies de signalisation
.arrow { font-weight:700; font-family: "Segoe UI Symbol","Noto Sans Symbols","Arial Unicode MS",sans-serif; }
NMP <span class="arrow">⇄</span> NDP <span class="arrow">⇄</span> NTP
α β γ δ ε ζ η θ ι κ λ μ ν ξ ο π ρ σ τ υ φ/ϕ χ ψ ω Γ Δ Θ Λ Ξ Π Σ Φ Ψ Ω
$\ce{ATP + [protéine]-L-histidine}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{ADP + [protéine]-N-phospho-L-histidine}$
$\leftrightharpoons$
$\longrightarrow$
→↓←↑
➞ ➚/➘
Å
(Figure : vetopsy.fr d’après Muñoz et coll)
- la prolifération cellulaire,
- la différenciation cellulaire et le développement embryonnaire,
- voies de signalisation
- la transduction du signal, ,
- le fonctionnement des récepteurs couplés à la protéine G (GPCR),
- l'endocytose,
- l'expression génique.
/biochimie/acides-nucleiques/
petite sous-unité ribosomique 40S
grande sous-unité ribosomique 60S
coiffe 7-méthylguanosine (m7G)
maturation des ARN (RNA processing)
transport nucléocytoplasmique des ARN
ARN impliqués dans la maturation des ARN
(Figure : vetopsy.fr d'après Tafforeau)
ARN non codants régulateurs de l’expression génique
ARN impliqués dans l’interférence par l’ARN (RNAi)
ARN non codants régulateurs indépendants de l’interférence par l’ARN
complexes ribonucléoprotéiques (RNP)
protéines de liaison aux ARN (RBP)
éléments transposables (transposons)
ribonucléoprotéines nucléaires (RNP)
régulation de la transcription
- élongation
- complexes de maturation co-transcriptionnelle
- coiffage 5′
- maturation de l’extrémité 3′
- clivage du pré-ARN
- polyadénylation
transcrits naissants (pré-ARN 47S)
transcription des ARNr, leur maturation et l’assemblage des sous-unités ribosomiques
(Figure : vetopsy.fr d'après Battle et coll
court volet simple brin (flap)
réponse aux dommage de l'ADN (DDR)
ATM, ATR et leurs kinases effectrices Chk1 et CHhk2
PARP1 (Poly(ADP-ribose) polymerase 1)
entaille (nick) de réplication
complexe MRN (MRE11-RAD50-NBS1)
ADN polymérases (de réplication)
ADN polymérases (de réparation et autres)
réponse aux dommages de l’ADN (DDR)
réparation par excision de base (BER)
réparation par excision de nucléotides (NER)
réparation globale du génome (GG-NER)
réparation couplée à la transcription (TC-NER)
réparation des mésappariements (MMR)
hétérochromatine constitutive et facultative
régions centromériques et péricentromériques
- coactivateurs transcriptionnels
- corépresseurs transcriptionnels
- complexe Mediator
- l’ARN polymérase II
- complexe de pré-initiation transcriptionnelle (PIC)
complexe de pré‑réplicatif (pré-RC)
(Figure : vetopsy.fr d'après Yang et coll)
dinucléotides CpG (cytosine-phosphate-guanine)
(Figure : vetopsy.fr d'après Yatskevitch et coll)
domaine CATD (CENP-A targeting domain)
HJURP (Holliday Junction Recognition Protein)
le réseau CCAN (Constitutive Centromere-Associated Network)
CDK1 (Cyclin-dependent kinase 1)
(Figure : vetopsy.fr d'après Fachinetti et coll)
(Figure : vetopsy.fr d'après Ada et Donald Olins)
A rechercher pour remplacer
⁺
⁻-
$\longrigharrow$
$\leftrightharpoons$
nucléosides-diphosphatases (NDPases)
nucléosides-triphosphatases (NTPases)
(Figure : vetopsy.fr d'après Sacrirstan et coll)
nucléotides puriques
adénine, l’hypoxanthine, ou la guanine
(Figure : vetopsy.fr d'après Ticau et coll)
Biologie cellulaire et génétique du Développement
LAD (Lamina-Associated Domains)
TAD (Topologically Associating Domain)
bivalents : paire de chromosomes homologues appariés deux chromosomes homologues reliés par un chiasma ensemble formé par deux chromosomes homologues chromosomes homologues couplés mécaniquement paire d’homologues fonctionnellement liée
mitose.php#telophase">télophase</a>
séparation des chromatides soeurs
kinésine-14, principalement HSET (KIFC1)
kinésines-6 (MKLP1/KIF23, MKLP2/KIF20A)
checkpoints du cycle cellulaire
appariement des chromosomes en méiose
- le désassemblage contrôlé du fuseau mitotique,
- la déphosphorylation des MAP et des moteurs mitotiques,
- la stabilisation transitoire de la zone médiane avant sa conversion en corps intermédiaire (midbody),
- la décondensation chromosomique, due aussi à la reformation de l'enveloppe nucléaire,
- la réinstallation progressive de l’architecture interphasique.
focalisation des pôles du fuseau
microtubules antiparallèles ou interpolaires
- les microtubules kinétochoriens,
- les microtubules polaires (interpolaires),
- les microtubules astraux
rupture de l’enveloppe nucléaire
reformation de l’enveloppe nucléaire
- la dégradation de la sécurine,
- la libération de la séparase,
- clivage de la cohésine
(Figure : vetopsy.fr d'après Mannion)
point de contrôle du fuseau (SAC) ou Spindle Assembly Checkpoint)
complexe MCC (Mitotic Checkpoint Complex),
matériel péricentriolaire (PCM)
complexe de pré‑réplicatif (pré-RC)
ETV
➞
CAK (cycline H/CDK7/Mat1)
activation des origines de réplication
corps liés à la biogenèse des ARN
corps liés à la régulation transcriptionnelle
corps impliqués dans la maturation co-transcriptionnelle des ARN,
- les speckles (grains interchromatiniens),
- les cleavage bodies,
- les Sam68 bodies,
- les domaines OPT.
corps ARN-dépendants de séquestration, les paraspeckles,
corps liés à la régulation transcriptionnelle et épigénétique
- les Polycomb bodies,
- les PML bodies,
- le compartiment périnucléolaire,
corps induits par le stress et la dégradation protéique
- les nuclear stress bodies,
- les clastosomes,
protéines transmembranaires aux lamines
barrière sélective du canal central
l’ADN
capture initiale des kinétochores par les microtubules par la corona fibreuse.
sortie de mitose : bascule kinases-phosphatases et réinitialisation cellulaire
les complexes cycline D/CDK4-6po
le complexe cycline B/CDK1 (MPF)
Aurora B et CPC (Chromosomal Passenger Complex)
Rb ou pRb (retinoblastoma protein), corepresseur transcriptionnel
les neurones et les cellules épithéliales
NTPases (NTP : nucléosides triphosphates) à P-loop
| alanine | Ala | A |
| cystéine | Cys | C |
| aspartate | Asp | D |
| glutamate | Glu | E |
| phénylalanine | Phe | F |
| glycine | Gly | G |
| histidine | His | H |
| isoleucine | Ile | I |
| lysine | Lys | K |
| leucine | Leu | L |
| méthionine | Met | M |
| asparagine | Asn | N |
| proline | Pro | P |
| glutamine | Gln | Q |
| arginine | Arg | R |
| sérine | Ser | S |
| thréonine | Thr | T |
| valine | Val | V |
| tryptophane | Trp | W |
| tyrosine | Tyr | Y |
| acide aspartique | ||
| acide glutamique |
groupe carboxyle ($\ce{-C(=O)OH}$
groupe hydroxyle ($\ce{-OH}$)
groupe méthyle ($\ce{-CH3}$)
groupe méthylène ($\ce{-CH2-}$ ou $\ce{=CH2}$)
groupe acétyle ($\ce{-C(=O)-CH3}$)
groupe acyle ($\ce{-C(=O)-}$)
groupe alcool ($\ce{-OH}$)
énediol ($\ce{-OH-C=C-0H-}$)
énol ($\ce{RR'C=C(R")-OH}$)
groupe alcoxyle ($\ce{-O-R'}$)
fonction ester $\ce{-C(=O)-O-}$ désigne un groupement caractéristique formé d'un atome lié simultanément à un atome d'oxygène par une double liaison ($\ce{=0}$) et à un groupement alkoxy (ou alkoxyle) du type $\ce{R-COO-R'}$.
groupe ester sulfate $\ce{R-SO3^-}$
phénoliques ($\ce{-C6H5-OH}$),
énol ($\ce{C=C−OH}$)
groupe formyle ($\ce{−CH=O}$)
groupe thiol ou sulfhydryle ($\ce{R−SH}$)
groupe cyanohydrine ($\ce{-C(OH)C≡N}$),
grouoe cétone ($\ce{-C=O}$)
groupe carbonyle ($\ce{-C=O}$)
alcool primaire ($\ce{-CH2OH}$)
alcool secondaire ($\ce{RR'CHOH}$)
Acide carboxylique ($\ce{-C(=O)OH}$
acides organiques ($\ce{COOH}$ ou ou $\ce{SOOH}$)
fonction acide phosphorique ($\ce{H3PO4}$
groupe amine ($\ce{-NH2}$)
amide ($\ce{-C(=O)N-}$)
thiol ($\ce{-SH}$)
groupe alcène ($\ce{-C=C-}$)
stérols ($\ce{C17H28O}$)
α β γ δ ε ζ η θ ι κ λ μ ν ξ ο π ρ σ τ υ φ/ϕ χ ψ ω Γ Δ Θ Λ Ξ Π Σ Φ Ψ Ω
$\ce{ATP + [protéine]-L-histidine}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{ADP + [protéine]-N-phospho-L-histidine}$
$\leftrightharpoons$
$\longrightarrow$
$\ce{H2O}$ Å
→↓←↑
➞ ➚/➘
Å
•
$\ce{TyrO^{\bullet}}$
– = en dash (semi-cadratin, –)
— = em dash (cadratin, —)
l'héparine/héparane sulfate (HS),
la chondroïtine sulfate (CS)/dermatane sulfate (DS),
l'hyaluronane ou l'acide hyaluronique (HA).
(Figure : vetopsy.fr d'après Varki et coll)
réactions exergoniques et endergoniques
esters phosphoriques des oses
Oses
Dérivés des oses
Osides
Processus
fermentation (ou glycolyse) anaérobie
1,3-bisphosphoglycérate (1,3BPG) 2-phospho-D-glycérate (2PG) 2,3-bisphosphoglycérate (2,3-BPG). 3-phospho-D-glycérate (3PG) 5-phosphoribosyl-pyrophosphate (PRPP) acide galacturonique (GalA) acide glucuronique (GlcA) acide mannuronique (ManA) acide N-acétylneuraminique (Neu5Ac ou NANA) dihydroxyacétone phosphate (DHAP) glycéraldéhyde-3-phosphate (GADP) glycosyltransférases (EC 2.4.) phosphoénolpyruvate (PEP) N-acétyl-D-galactosamine (GalNAc) N-acétyl-D-glucosamine (GlcNAc) N-acétyl-D-mannoosamine (ManNAc) sédoheptulose-1,7-bisphosphate UDP-acide glucuronique (UDP-GlcA) UDP-N-acétylglucosamine (UDP-GlcNAc) 4-α-glucanotransférase (EC 2.4.1.25) 6-phosphogluconolactonase (EC 3.1.1.31) 6-phosphogluconate déshydrogénase (EC 1.1.1.44) aldose-1-épimérase (EC 5.1.3.3) amylo-α-1,6-glucosidase (EC 3.2.1.33) aspartate aminotransférase (ASAT ou AST), EC 2.6.1.1 β-1,4-galactosyltransférase (EC 2.4.1.38 ou 2.4.1.90) D-xylulose réductase (EC 1.1.1.9) enzyme de débranchement du glycogène (GDE) enzyme de ramification du glycogène ou amylo-1,4→1,6 transglucosidase (EC 2.4.1.18). fructose-1,6-bisphosphatase (EC 3.1.3.11) fructose-bisphosphate aldolase ou aldolase B (EC 4.1.2.13) galactose-1-phosphate uridylyltransférase (EC 2.7.7.12) glucose-1 phosphate uridyltransférase ou UDP-glucose pyrophosphorylase (EC 2.7.7.9) glucose-6-phosphatase (EC 3.1.3.9) glucose-6-phosphate déshydrogénase (EC 1.1.1.49) glucose-6-phosphate isomérase (GPI) ou phosphohexose isomérase (EC 5.3.1.9) glucuronyl-transférase ou Uridine 5'-diphospho-glucuronosyltransférase (EC 2.4.1.17) glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase (EC 1.2.1.12) glycérol-3-phosphate déshydrogénase (EC 1.1.1.8). glycogène phosphorylase (EC 2.4.1.1) glycogène synthase (GS) ou UDP-glucose-glycogène glucosyltransférase (EC 2.4.1.11) lactose synthase (EC 2.4.1.22) L-xylulose réductase (EC 1.1.1.10) malate déshydrogénase (EC 1.1.1.37) mannose-6 phosphate isomérase (MPI) ou phosphomannose isomérase (PMI), i.e. EC 5.3.1.8) phosphoénolpyruvate carboxykinase (EC 4.1.1.32) phosphoglucomatase (EC 5.4.2.2) phosphopyruvate hydratase ou énolase (EC 4.2.1.11) phosphofructokinase (EC 2.7.1.11) phosphoglycérate kinase (EC 2.7.2.3) phosphoglycérate mutase (EC 5.4.2.11) phosphopentose isomérase (EC 5.3.1.6) phosphopentose épimérase (EC 5.3.1.1) pyruvate carboxylase (EC 6.4.1.1) saccharose-6-phosphate synthase (EC 2.4.1.14) saccharose-phosphate phosphatase (EC 3.1.1.24) triose phosphate isomérase (EC 5.3.1.1) UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransférase (EC 2.7.7.12) UDP-glucose 4-épimérase ou UDP-galactose 4-épimérase ou GALE (EC 5.1.3.2) UDP-glucose pyrophosphorylase ou UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransférase ou glucose-1-phosphate uridylyltransférase (EC 2.7.7.9) Métabolites
Enzymes