• Comportement du chien et
    du chat
  • Celui qui connait vraiment les animaux est par là même capable de comprendre pleinement le caractère unique de l'homme
    • Konrad Lorenz
  • Biologie, neurosciences et
    sciences en général
  •  Le but des sciences n'est pas d'ouvrir une porte à la sagesse infinie,
    mais de poser une limite à l'erreur infinie
    • La vie de Galilée de Bertold Brecht

Structure des protéines
Domaines protéiques

Sommaire
définition

En biologie moléculaire, un domaine protéique est une région de la chaîne polypeptidique d'une protéine capable d'adopter une structure de manière autonome ou partiellement autonome du reste de la molécule.

Vue d'ensemble des domaines protéiques

1. Chaque domaine protéique forme une structure tridimensionnelle pliée compacte.

  • Monomère et dimère de dynamine
    Monomère et dimère de dynamine
    (Figure : vetopsy.fr d'après Antonny et coll)
    De nombreuses protéines sont constituées de plusieurs domaines, d'où le nom de protéines multidomaine.
  • Un même domaine peut apparaître dans une variété de protéines différentes.

2. L'évolution moléculaire utilise des domaines comme blocs de construction et ceux-ci peuvent être recombinés dans différents arrangements pour créer des protéines avec des fonctions différentes.

a. En général, la longueur des domaines varie entre environ 50 acides aminés jusqu'à 250 acides aminés de longueur.

Les domaines les plus courts, tels que les motifs à doigts de zinc, sont stabilisés par des ions métalliques ou des ponts de disulfure.

b. Les domaines forment souvent des unités fonctionnelles, telles que la main EF (EF hand) se liant au calcium de la calmoduline (CaM).

livre

Nous n'approfondirons pas davantage les concepts généraux liés aux domaines protéiques. Je vous recommande de consulter l'article Protein domain de Wikipedia qui offre de nombreuses précisions.

Liste non exhaustive des domaines protéiques

La liste des domaines protéiques est tirée, avec des adaptations, de : Protein Domains & Interactions.

Les liens renvoient :

  • soit à des chapitres de vetopsy.fr en bleu,
  • soit à Wikipedia en rouge, souvent un peu plus développés,
  • soit à Cell Signaling en orange, site dans lequel des exemples de protéines sont illustrés et qui complète les deux autres.
Apoptose Liaison
calcium
Régulation
chromatine

Modulation
cytosquelette

Liaison
méthyl-lysine
Liaison
phospho-Ser
/Thr
Liaison
phospho-Tyr
BH1-4 Main EF BROMO CH/ABD LRR 14-3-3 PTB
BIR   BTB/POZ FH1 MBT BRCT SH2
CARD   Chromo FH2   FF  
DEATH   CSD DAD   FHA  
DED   SWIRM DID   MH2  
DH   TUDOR GEL   POLO-Box  
TRAF   PHD   WD40  
Liaison
phospholipides
Dégradation
protéines
Liaison
pro-riche

Liaison
ubiquitine

Trafic
vésicules
Autres
BAR UBL SH3 UBD
(liaison à l’ubiquitine)
EH ANK
BEACH F-BOX WW UBA SNARE ARM
C1 HECT EVH1 UIM   GRIP
C2 RING GYF MIU   HEAT
VHS BC-BOX
(SOCS-BOX
et VHL-BOX)
  CUE   IQ
ENTH U-box   GAT   LIM
ANTH     UEV   MH1
FERM     Motifs à
doigt de zinc
  PAS
FYVE     NZF   PB1
GLUE     RING   PDZ
GRAM     Miz   PUF
PH     UBR-BOX   PWWP
PX     PHD   RGS
EVH1     FYVE   SAM
PROPPIN     ZZ   SPRY
Choréine     B-Box   StART
        TIR
          TPR
          VHL
          CUB
          EGF-like
          Ig