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Modifications post-traductionnelles des protéines
Ubiquitination : ubiquitine et E3 ubiquitine ligases

Sommaire

définition

L'ubiquitination (ou ubiquitinylation) est une modification post-traductionnelle qui aboutit à la fixation covalente d'une (ou de plusieurs) protéine d'ubiquitine sur la protéine substrat.

Ubiquitination et désubiquitination
Ubiquitination et désubiquitination
(Figure : vetopsy.fr)

Cette ubiquitination a divers rôles.

  • Le système ubiquitine-protéasome (UPS) est la principale voie de dégradation ATP-dépendante des protéines régulatrices, ou mal pliées et anormales dans le cytosol et le noyau des cellules eucaryotes. Le protéasome 26S en est un élément central.
  • L'ubiiquitination a bien d'autres rôles (cf rôles de l'ubiquitination). On retrouve environ entre 107 à 108 ubiquitines par cellule, ce qui montre bien son importance.

Ubiquitine

Structure de l'ubiquitine

L'ubiquitine est un polypeptide de 76 acides aminés qui contient 7 lysines (K6, 11, 27, 29, 33, 48 et 63) et une méthionine M1 N-terminale (Ubiquitin: structures, functions, mechanisms 2004 et Ubiquitin: a small protein folding paradigm 2006).

Sa structure est composée d'un β-grasp fold.

Ce feuillet est très ancien et hautement conservé chez les plantes, les levures et les animaux avec seulement 3 résidus de différence.

Modifications de l'ubiquitine

Liaisons de l'ubiquitine avec d'autres
ubiquitines ou le substrat

1. les lysines (6, 11, 23, 29, 33, 48, 63) permettent la liaison covalente de l'ubiquitine avec la protéine substrat (monoubiquitination) ou alors avec d'autres ubiquitines (polyubiquitination).

Ces lysines peuvent être acétylées : Lys29 est la seule chez laquelle cette acétylation n'a pas été démontrée (Ubiquitin modifications 2016).

2. La polyubiquitination peut aussi s'effectuer par liaison peptidique canonique linéaire entre la Gly76 C-terminale d'une ubiquitine et la Met1 N-terminale de la suivante.

2. La polyubiquitination peut aussi s'effectuer par liaison peptidique canonique linéaire entre la Gly76 C-terminale d'une ubiquitine et la Met1 N-terminale de la suivante.

Patchs reconnus par d'autres protéines

Plusieurs patchs peuvent peuvent être reconnus par d'autres protéines (The Ubiquitin Code 2012).

L'ubiquitine peut être aussi phosphorylée sur de nombreux résidus : Thr7, 9, 12, 14, 22, 55, 59, 66 et Ser 20, 57, 65

La conjugaison de l'ubiquitine à un substrat (ubiquitination) et sa déconjugaison (désubiquitination) font partie d'un puissant système de signalisation pour cibler l'activité de ses enzymes cibles.

E3 ubiquitine ligases : généralités

Les E3 ubiquitine ligases, qui comprennent jplus de 600 membres chez l'homme, sont classées en trois grandes familles (New insights into ubiquitin E3 ligase mechanism 2014 et HECT and RING finger families of E3 ubiquitin ligases at a glance 2012).

On peut aussi les classer différemment.

1. Les E3 ubiquitine ligases simples sont composées d'un seul polypeptide qui contient un domaine RING ou une U-box pour recruter l'enzyme de conjugaison E2 (E2 ubiquitin-conjugating enzyme), et un domaine qui interagit avec le substrat, comme la répetition WD40 (WD40 repeat) par exemple.

2. Les E3 ubiquitine ligases complexes peuvent :

Famille HECT