Domaines protéiques d'interaction membranaire
Domaine CUB
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Le domaine CUB est un motif d'environ 110 résidus trouvés presque exclusivement dans les protéines extracellulaires ou liées à la membrane plasmique (2000 environ). Il a été découvert tout d'abord dans le système du complément d'où leur nom : Complement 1r/s, Uegf (protéine embryonnaire de l'oursin) et BMP1.
De nombreuses protéines sont des peptidases appartenant à la famille des astacines et de la chymotrypsine.
(Figure : vetopsy.fr d'après Romero et Appleton)
Ce domaine est trouvé, sur le site vetopsy.fr, dans :
- les tolloïdes (BMP1),
- Kremen,
- les membres très éloignés de la famille des LDLR.
Structure du domaine CUB
Le domaine CUB comprend (The crystal structures of two spermadhesins reveal the CUB domain fold 1997) :
- environ 110 acides aminés, contenant 2 ponts disulfure,
- une structure ellipsoïdale compacte est composée de 10 brins-β formant un un sandwich de deux feuillets-β à cinq brins, chacun contenant deux brins parallèles et quatre antiparallèles.
La structure du domaine CUB de base des spermadhésines est modifiée suivant les protéines par la perte de β1 ou β1/2 .
- La suppression de β1/2 est observée uniquement dans les domaines CUB1 de la famille des C1r/C1s/ MASP (Structural studies of neuropilin/antibody complexes provide insights into semaphorin and VEGF binding 2007)
- La suppression de β1 est observée dans les cbCUB (Ca++-Binding), domaine CUB contenant un ion Ca++, lié entre les boucles 5 et 9, situées sur la face opposé de l'extrémité C-terminale. La Tyr-Glu-Asp-Asp marque la présence de ce site de liaison.
(Figure : vetopsy.fr d'après Appleton)
Ces cbCUB sont souvent liés par 2 et les liaisons entre Ca++ adopte une structure bipyramidale.
Fonctions du domaine CUB
Ces protéines sont impliquées dans de nombreuses fonctions comme :
- le développement embryonnaire, la signalisation cellulaire, le guidage axonal et l'angiogenèse, la réparation des tissus,
- la neurotransmission, l'endocytose médiée par un récepteur, la suppression tumorale,
- la fécondation, l'hémostase, l'inflammation et l'activation du complément.
Biologie cellulaire et moléculaireConstituants de la celluleMatrice extracellulaireReproduction cellulaireBiochimieProtidesAcides aminésStructure des protéinesDomaines des protéinesMotifs à doigt de zincDomaines d'interaction membranaireDomaine CUBGlucidesLipidesEnzymesHormonesTransport membranaireMoteurs moléculairesVoies de signalisation