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Nucléotides
Catabolisme des bases azotées
Bases puriques

Sommaire
définition

Le catabolisme des bases puriques correspond à la dégradation de l’adénine et de la guanine en acide urique chez l’homme, tout en générant des intermédiaires réutilisables dans les voies de sauvetage des purines.

Vue d'ensemble du catabolisme des bases puriques

1. Le catabolisme des bases puriques est plus simple que celui des bases pyrimidiques, mais il présente l’inconvénient de conduire à la formation de produits peu solubles.

2. Contrairement aux pyrimidines, qui donnent des composés solubles et métaboliquement réutilisables, les purines ne génèrent pas d’intermédiaires énergétiques majeurs, mais :

  • s’accumulent chez l’homme et les primates supérieurs sous forme d’acide urique, dont l’accumulation excessive est à l’origine de la goutte (hyperuricémie).
  • sont oxydées en allantoïne chez d’autres espèces, grâce à l’uricase (urate oxydase), enzyme absente chez l’homme et les autres primates supérieurs.

3. Le catabolisme des bases puriques repose sur l’action coordonnée d’enzymes.

Deux types de réactions interviennent dans ce processus :

  • Catabolisme de l'AMP et de l'IMP en xanthine
    Catabolisme de l'AMP et de l'IMP en xanthine
    (Figure : vetopsy.fr)
    des désaminations,
  • des oxydations, conduisant progressivement à la formation d’hypoxanthine, de xanthine puis d’acide urique.

Désamination des
bases puriques

La première étape de la dégradation des purines est leur désamination hydrolytique, i.e. perte d'un groupe amine ($\ce{-NH2}$), qui varie selon la base purique concernée.

Désamination
de l'adénine

1. L'adénine est désaminée lors du passage de l'adénosine à l'inosine, donc au niveau de son nucléoside, et non pas au stade de base purique libre.

$\ce{Adénosine + H2O}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{Inosine + NH3}$

Cette réaction est catalysée par l'adénosine désaminase (ADA), i.e. EC 3.5.4.4, hydrolase hautement conservée des bactéries à l'homme.

bien

Cette désamination est étudiée dans le chapitre des voies de sauvetage des nucléosides puriques, où l’adénosine peut également être recyclée en nucléotides.

2. L'inosine est ensuite transformée en hypoxanthine.

Cette réaction est catalysée par la purine nucléotide phosphorylase (PNP ou inosine phosphorylase), EC 2.4.2.1, qui intervient dans la voie de sauvetage des bases puriques.

$\ce{Inosine + phosphate}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{hypoxanthine + ribose-1-phosphate}$

La xanthosine est aussi transformée en xanthine par cette enzyme.

Catabolisme de l'XMP et du GMP en xanthine
Catabolisme de l'XMP et du GMP en xanthine
(Figure : vetopsy.fr)

Remarque : Chez les mammifères, l’adénine libre est généralement recyclée par la voie de sauvetage via l’APRT, de sorte que sa désamination directe en hypoxanthine par l’adénine désaminase (EC 3.5.4.2) reste marginale.

Désamination
de la guanine

1. La guanine est désaminée directement en xanthine.

$\ce{Guanine + H2O}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{xanthine + NH3}$

Cette réaction est catalysée par la guanine désaminase (GAH ou guanase), EC 3.5.4.3.

2. La désamination spontanée de la guanine dans l’ADN conduit à la formation de xanthine, une base anormale qui peut provoquer des erreurs d’appariement si elle n’est pas éliminée par les mécanismes de réparation par excision de base (BER ou Base Excision Repair).

3. La xanthine formée constitue un intermédiaire central du catabolisme des purines, qui sera ensuite oxydé en acide urique.

Oxydation des bases puriques : acide urique

L’oxydation des bases puriques aboutit à la production d’acide urique et implique la formation préalable de xanthine, produite directement par la désamination de la guanine, tandis que l’adénine est d’abord convertie en hypoxanthine.

1. La xanthine oxydase (XO), EC 1.17.3.2, oxyde l'hypoxanthine en xanthine ou 3,7-dihydropurine-2,6-dione.

$\ce{Hypoxanthine + H2O + O2}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{xanthine + H2O2}$

2. Puis, la XO oxyde la xanthine en acide urique (2,6,8-trihydroxypurine).

$\ce{Xanthine + H2O + O2}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{acide urique + H2O2}$

Formation d'acide urique
Formation d'acide urique
(Figure : vetopsy.fr)

3. La xanthine oxydase est une flavoprotéine à FAD (Flavine Adénine Dinucléotide), contenant un centre au molybdène associé à une molybdoptérine et deux centres fer-soufre [2Fe-2S], impliqués dans les transferts d'électrons (loupe réactions d'oxydoréduction).

La xanthine oxydase est une flavoprotéine à FAD fonctionnant sous forme de dimère.

a. Les atomes de molybdène, intégrés dans les groupements de molybdoptérine, sont les sites actifs de l'enzyme.

b. Les atomes de fer forment des clusters fer-soufre [2Fe-2S], similaires à ceux des ferrédoxines.

Les ions fer oscillent entre les états $\ce{Fe++}$ (ferreux) et $\ce{Fe+++}$ (ferrique), facilitant les transferts d’électrons.

c. Les atomes d'hydrogène extraits du substrat sont transférés au FAD, puis transmis à l’oxygène moléculaire, ce qui conduit à la formation de peroxyde d’hydrogène.

4. Ce système auto-oxydable donne naissance à :

$\ce{2H2O2}$ $\longrigharrow$ $\ce{2H2O + O2}$ ;

  • de l'acide urique ($\ce{C5H4O3N4}$).

Devenir de l'acide urique et excrétion de l'azote

Le catabolisme des bases azotées puriques conduit à la production d'acide urique.

Selon les animaux, les différences dans le devenir de l'acide urique reflètent une adaptation évolutive au milieu de vie, notamment en lien avec l’accès à l’eau et la gestion de l’ammoniac ($\ce{NH3}$), un déchet azoté toxique.

a. Les animaux aquatiques, dits ammoniothéliques, peuvent en effet éliminer facilement l'ammoniac par diffusion, car il est très soluble dans l’eau.

b. Les animaux terrestres se sont adaptés à un milieu plus sec, adaptation qui s’est accompagnée d’une perte progressive d’enzymes impliquées dans ce catabolisme.

  • Le processus s’arrête alors à l’acide urique, un composé peu soluble, qui est excrété dans l'urine sous forme de cristaux, pouvant donner une consistance pâteuse à l’urine, limitant ainsi la perte d’eau.
  • Chez les oiseaux et de nombreux reptiles, l’acide urique est excrété sous forme de pâte blanchâtre mélangée aux fèces.

Animaux dits uricotéliques

1. Chez les animaux dits uricotéliques, l'acide urique est excrété dans l'urine.

Cela concerne l'homme et quelques animaux dépourvus d'uricase, i.e. primates, chiens dalmatiens, oiseaux, reptiles uricotéliques, insectes exceptés les diptères.

attention

L'homme n'est pas considéré comme uricotélique au sens strict car le déchet azoté principal excrété est l’urée, produite dans le cycle de l'urée (ou cycle de l'ornithine) à partir de l'ammoniac.

Cela fait de l’homme un uréotélique, comme la majorité des mammifères, même s'il est dépourvu d'uricase.

Goutte et calculs d'urate

Goutte et calculs d'urate
(Figure : vetopsy.fr d'après openi.nlm.nih.gov et
vetmed.ucdavis.edu
)

2. La goutte est provoquée par l'élévation des niveaux d'acide urique qui provoque une précipitation des cristaux d'urate, en général monosodique, dans la synovie des articulations (hyperuricémie).

a. Son étiologie est multiple :

b. Pour nos animaux domestiques, les dalmatiens excrètent ainsi 4 fois plus d'acide urique par jour dans l'urine que les autres chiens.

  • La mutation du transporteur d’urate SLC2A9 (GLUT9) altère le transport de l’acide urique dans les hépatocytes et dans les tubules rénaux, empêchant sa conversion normale en allantoïne par l’uricase et favorisant son excrétion urinaire (Mutations in the SLC2A9 Gene Cause Hyperuricosuria and Hyperuricemia in the Dog 2008).
  • On a longtemps cru que les dalmatiens ne possédaient pas d'uricase. en raison d’un défaut de transport hépatique de l’urate et non d’un manque d’uricase.

Remarque : chez les reptiles et les oiseaux, la majeure partie de l'acide urique excrété ne provient pas du catabolisme des purines, mais est synthétisée de novo pour éliminer l'ammoniac, ce qui permet à ces animaux d'économiser l'eau.

Animaux non uricothéliques

1. De nombreux mammifères, les diptères et les gastéropodes possèdent une enzyme, l'uricase ou urate oxidase (UO), EC 1.7.3.3, contenue dans les peroxisomes, qui transforme l'acide urique en allantoïne (5-uréidohydantoïne ou glyoxyldiuréide).

a. La première réaction est une oxydation nécessitant cette enzyme :

$\ce{Acide urique + O2 + H2O}$ $\longrightarrow$
$\ce{5-hydroxyisourate + H2O2}$

Évolution de l'excrétion de l'ammoniac
Évolution de l'excrétion de l'ammoniac
(Figure : vetopsy.fr)

b. La deuxième réaction est spontanée :

$\ce{5-hydroxyisourate + H2O}$ $\longrightarrow$
$\ce{Allantoïne + H2O2}$

c. L’allantoïne, plus hydrosoluble, est plus facilement éliminée dans l'urine.

2. Chez les poissons téléostéens, l'allantoïnase, EC 3.5.2.5, catalyse l'ouverture du cycle imidazole de l'allantoïne avec formation d'acide allantoïque.

$\ce{Allantoïne + H2O}$ $\longrightarrow$
$\ce{allantoate}$

3. Chez les amphibiens, les lamellibranches d'eau douce, les autres espèces de poissons, une allantoïcase (EC 3.5.3.4) permet l'élimination d'urée et de glyoxylate.

$\ce{Allantoate + H2O}$ $\longrightarrow$
$\ce{urée + glyoxylate}$

4. Certains vers et les lamellibranches marins possèdent de l'uréase (3.5.1.5) permettant la dégradation de l'urée.

$\ce{(NH2)_2CO + H2O$ $\longrightarrow$ $\ce{CO2 + 2NH3}$

Ce tableau récapitulatif classe les produits de dégradation du moins soluble au plus soluble.

Voie métabolique finale Produit d'excrétion Exemples
d'espèces
Type
Acide urique Peu soluble
  • Humains
  • Oiseaux
  • Reptiles
Uricotélique
Allantoïne Soluble
  • Mammifères non primates
  • Insectes
Uréotélique
modifié
Urée $\ce{(NH2)2CO}$
  • Amphibiens
  • Poissons
  • Mammifères
Uréotélique
Ammoniac $\ce{NH3}$
  • Vers
  • Mllusques marins
Ammoniotélique

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