Enzymes
Groupe des hydrolases (EC3)
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Les hydrolases (EC 3) sont une classe d'enzymes, la plus vaste et la plus diversifiée avec plus de 200 enzymes, qui catalysent l'hydrolyse de plusieurs types de composés.
Vue d'ensemble des hydrolases
1. Les hydrolases (EC 3) catalysent l'hydrolyse de plusieurs types de composés selon la réaction :
$\ce{A-B + H2O}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{A-OH + BH}$
Vous pouvez lire un article récent : Hydrolases: The Most Diverse Class of Enzymes (2021).
3. Les hydrolases catalysent le clivage hydrolytique des liaisons (Hydrolases: The Most Diverse Class of Enzymes 2021) :
- carbone-oxygène, i.e. $\ce{-C-O-}$,
- carbone-azote, i.e. $\ce{-C-N-}$,
- carbone-carbone, i.e. $\ce{-C-C-}$,
- phosphore-azote, i.e. $\ce{-P-N-}$…
Les noms systématiques des hydrolases sont " substrat hydrolases ", mais les noms usuels sont généralement sous la forme " substrateases " ou " substratases ", par exemple, estérases, les protéases, les glycosidases et les lipases.
Nous ne développerons pas les hydrolases, mais nous donnons les classifications qui peuvent être utiles. Vous pouvez vous reporter aux articles de Wiikipedia pour plus de précisions.
Classification des hydrolases selon le type de liaison
La classification des hydrolases basé sur le type de liaison qu'elles clivent, est représentée dans le tableau suivant.
| Sous-classes | sous-sous-classe | Exemple d'enzyme |
|---|---|---|
| 3.1 : Liaison ester (estérases) |
3.1.1 : Lipases | 3.1.1.3 : Triacylglycérol lipase |
| 3.2 : Glucides | 3.2.1 : Glycosidase | 3.2.1.1 : α-amylase |
| 3.3 : Liaison éther | 3.3.2 : Éther hydrolase | 3.3.2.6 : Leukotriéne-A4 hydrolase |
| 3.4 : Liaison peptide (peptidases) |
3.4.21 : Sérine endopeptidase | 3.4.21.1 : Chymotrypsine |
| 3.5 : Liaisons C-N (autres que peptides) |
3.5.1 : Amides linéaires | 3.5.1.1 : Asparaginase |
| 3.6.1 : Anhydride d'acide |
3.6.1 : Anhydrides contenant P | 3.6.1.1 : Diphosphatase ou pyrophosphate inorganique |
| 3.7 : Liaison C-C | 3.7.1 : Dans les cétones | 3.7.1.1 : Oxaloacétase |
| 3.8 : Liaison halide | 3.8.1 : Liaisons C-X | 3.8.1.1 : Alkylhalidase |
| 3.9 : Liaison P-N | 3.9.1 : Liaison P-N | 3.9.1.1: Phosphoamidase |
| 3.10 : Liaison S-N | 3.10.1 : Liaison S-N | 3.10.1.1 : N-Sulfoglucosamine sulfohydrolase |
| 3.11 : Liaison C-P | 3.11.1 : Liaison C-P | 3.11.1.1 : Phosphonoacétaldehyde hydrolase |
| 3.12 : Liaison S-S | 3.12.1 : Liaison S-S | 3.12.1.1 Trithionate hydrolase |
| 3.13 : Liaison C-S | 3.13.1 : Liaison C-S | 3.13.1.1 : UDP-Sulfoquinovose synthase |
Pour une liste plus précise des hydrolases, reportez-vous à hydrolases de Wikipedia.
Classification des hydrolases selon l'acide aminé
Les hydrolases peuvent être aussi classées selon l'acide aminé qui est impliqué dans l'hydrolyse.
| N° Sr | Classe | Sous-classes |
|---|---|---|
| 1 | A : Carboxyl hydrolases (aspartyl and glutamyl) |
A.01 : Pepsin-like protéases |
| A.02 : Glycosidases | ||
| A.03 : Hydrolases avec un intermédiaire covalent aspartyl-substrat |
||
| A.04 : Époxide hydrolase-like | ||
| 2 | C : Hydrolases à cystéine |
C.01 : Cys hydrolases avec dyade Cys-His |
| C.02 : N-terminal cystéine hydrolases | ||
| C.03 : Cys hydrolases avec His comme donneur de proton |
||
| C.04 : Tyrosine phosphatase-like | ||
| C.05 : Cys hydrolases avec groupe carboxyl comme accepteur de proton |
||
| 3 |
|
H.01 : Ribonucléase-like |
| H.02 : Hydrolases avec un intermédiaire covalent His-substrat |
||
| H.03 : Hydrolases de la liaison C-C | ||
| 4 | M: Hydrolases dépendantes d'un métal |
M.01 : Hydrolases dépendante du zinc |
| M.02 : Hydrolases dépendante du magnésium | ||
| M.03 : Hydrolases dépendante du calcium | ||
| M.04 : Hydrolases dépendante de deux métaux (Zn et Mg) |
||
| M.05 : Hydrolases dépendante du fer | ||
| M.06: Hydrolases dépendante du manganèse | ||
| M.X) : Hydrolases sans métal spécifique | ||
| 5 | P : Hydrolases à proline N-terminal |
|
| 6 | S : Hydrolases à sérine |
S.01 : Ser hydrolases avec dyade Ser-His |
| S.02 : Ser hydrolases avec groupe amine comme accepteur de proton |
||
| (S.03) Ser hydrolases avec groupe carboxyl comme accepteur de proton |
||
| 7 | T : Hydrolases à thréonine |
T.01 : Asparaginase-like |
| T.02 : Hydrolases à thréonine N-terminale | ||
| 8 | U : Hydolases inclassifiables |
U.01 : Protéines sans activité hydrolase |
| U.02 : Hydrolases sans domaine catalytique connu | ||
| 9 | Y : Hydrolases à tyrosine |
Y.01 : Sialidases |
| 10 | Z : Hydrolases assistées par un substrate- ou ocfactor-dependant es |
Z.01 : Phosphatases avec un substrat phosphate comme base catalytique |
| Z.02 : désacétylases NAD(+)-dependant es | ||
| Z.03 : Hydrolases avec étapes oxydation/réduction |