Transporteurs SLC (Solute Carrier)
Vue d'ensemble

Vue d'ensemble des SLC

Les transporteurs SLC forment un groupe de plus de 430 membres, répartis en 65 familles, dont environ 30% sont orphelins (Classification Systems of Secondary Active Transporters 2017).

Les solutés transportés sont extrêmement divers :

• des molécules organiques chargées ou non,
• des ions inorganiques,
• l'ammoniac.

1. Les SLC sont des protéines intégrales ou intrinsèques, appelées protéines transmembranaires (ou polytopiques). Leur structure, classique, comprend :

• des hélices α transmembranaires hydrophobes,
• des boucles hydrophiles intra- et extracellulaires.

2. Les SLC sont insérés, pour la plupart d'entre eux, dans la membrane cellulaire, mais on les trouve aussi dans :

• les mitochondries, en particulier les SLC25,
• d'autres organites intracellulaires.

3. Les SLC assurent leur fonction comme monomères, comme homo ou hétéro-oligomères.

4. Leur homologie est très faible, sinon nulle (The Solute Carrier Families Have a Remarkably Long Evolutionary History with the Majority of the Human Families Present before Divergence of Bilaterian Species 2011).

5. Les SLC comprend des :

• des uniports (uniporteurs, facilitateurs ou transporteurs d'équilibration), transporteurs passifs i.e. les molécules traversent la membrane selon le sens du gradient électrochimique (driving force), sans consommer d'énergie (transports passifs) ;
• des co-transporteurs (ou transporteurs secondaires), transporteurs actifs qui couplent le passage de la molécule avec celui d'un ion, i.e. déplacent les ions selon leur gradient électrochimique (driving force), ce qui provoque le passage de l'autre substance contre son gradient propre.

Nomenclature des SLC

Le système de nomenclature utilisé est celui de l'HGNC (HUGO Gene Nomenclature Committee, où HUGO est l'acronyme de Human Genome Organisation).

1. Prenons comme exemple SLC4A1, appelé encore Band 3 ou AE1, qui est longuement développé sur vetopsy.fr.

La nomenclature est la suivante : SLCnXm où :

• SLC, SoLute Carrier ;
• 4 est un entier qui correspond à une famille, n peut varier entre 1-52 (Bioparadigms.org, par exemple, en compte jusqu'à 65) ;
• A désigne une sous-famille, X correspondant à une seule lettre majuscule ( A, B, C.…) ;
• 1 est un entier représentant une isoforme de la famille (dans cette famille, on compte 3 membres, 1-3).

2. La famille SLC21 (transporteurs de polypeptides transportant des anions organiques), pour des raisons historiques, commencent par SLCO, et non par SLC.

Les gènes des rongeurs, très étudiés, utilisent des lettres minuscule (Slca41a est l'orthologue de SLC4A1 pour suivre notre exemple).

Liste des SLC

Vous trouverez les listes dans :

• Transporter classification database ;
• Transporter classification database () ;
• Bioparadigms.org.

Les familles les plus nombreuses (Pfam database, Protein families datbase) sont classés dans un même clan, i.e. groupes de familles Pfam apparentées :

• les MFS (Major Facilitator Superfamily), qui comprend 16 ;
• les APC (Amino acid-Polyamine-organoCation), qui comprend 11 familles, ;
• les CPA/AT (CationProton Antiporter/Anion Transporter) qui comprend 2 familles ;
• DMT (Drug/metabolite transporter) qui comprend 2 familles.

Certaines familles (16) n'ont pas de clan ou des familles qui forment des clans à elles toutes seules (SLC3, 13, 27, 47 et 50).

Les SLC atypiques, terme utilisé par les chercheurs, sont des protéines transporteuses plausibles, qui présentent des séquences similaires aux SLC connus, mais archaïques.

Ils n'ont pas de nom selon le système HGN : ils ont été classés dans une des familles SLC, ou forment de nouvelles familles, i.e. la famille atypique des MFS - AMTF : Atypical MFS Transporter Families - (Characteristics of 29 novel atypical solute carriers of major facilitator superfamily type: evolutionary conservation, predicted structure and neuronal co-expression 2017).