Isomérie
Vue d'ensemble
Isomérie plane ou isomérie de constitution
- Biologie cellulaire et moléculaire
- Biochimie
Deux composés sont dits isomères (du grec " isos ", identique et " meros ") lorsqu'ils possèdent la même formule brute, mais des structures différentes.
Vue d'ensemble des isomères
Ces composés isomères, à même formule brute, peuvent être différenciés de deux manières ( formule chimique).
1. Leur formule développée est différente, i.e. on parle d'isomérie plane ou isomérie de constitution.
- La formule brute est l'écriture la plus compacte décrivant un composé chimique ou un corps simple, i.e. $\ce{C4H10}$.
- La formule développée plane est un mode de représentation qui renseigne sur l'agencement des atomes composant une molécule.
- une formule semi-développée est une simplification d'une formule développée plane, dans laquelle on ne représente pas les liaisons avec les atomes d'hydrogène.
2. Leur représentation dans l’espace, i.e. leur stéréoisomérie est différente et les composés sont des stéréoisomères.
a. La stéréoisomérie de conformation ou conformérie s'effectue par simple rotation autour d'un axe d'une liaison simple (en général C-C) sans qu'il soit nécessaire de rompre des liaisons.
b. La stéréoisomérie de configuration nécessite une rupture de liaison.
Ces molécules peuvent avoir des propriétés physiques, chimiques et biologiques très différentes.
Nous donnerons chaque fois un ou plusieurs exemples, sachant qu'il en existe des infinités.
Isomérie plane ou isomérie de constitution
Les isomères de constitution sont des isomères (même formule brute), mais dont la formule développée est différente.
Cette isomérie de constitution (connexion différente entre les atomes) comprend plusieurs formes :
- isomérie de chaîne,
- isomérie de position,
- isomérie de fonction,
- isomérie d'insaturation.
Isomérie de chaîne
1. L'isomérie de chaîne est une isomérie dans laquelle l'enchaînement des atomes de carbone est différent.
2. Exemples
Certaines ramifications apparaissent comme dans $\ce{C4H10}$ qui existe sous 2 formes :
Isomérie de position
1. L'isomérie de position est une isomérie dans laquelle l’enchaînement des atomes de carbone est identique, mais il existe des changements au niveau de la position de certaines caractéristiques.
2. Exemples
Changement de position d’un groupe fonctionnel sur une chaîne linéaire comme dans $\ce{C6H10O}$, ce qui donne des composés à mêmes propriétés chimiques, mais à propriétés physiques différentes :
- pentan-2-one et pentan-3-one de la famille des cétones ou un noyau aromatique ($\ce{C7H8O}$),
- 2-méthylphénol (ortho-crésol) et 3-méthylphénol (meta-crésol).
Changement de position d'une liaison insaturée comme dans $\ce{C6H12}$ : hex-1-ène et hex-2-ène de la famille des alcènes.
Changement de position d'une ramification comme dans $\ce{C6H14}$ : 2-méthylpentane et 3-méthylpentane.
Isomérie de fonctions
Cas général
1. L'isomérie de fonctions est une isomérie dans laquelle les groupes fonctionnels sont différents.
2. Exemples
$\ce{C3H6O}$ correspond à plusieurs isomères de fonction :
- l'éthanol qui est un alcool ($\ce{CH3-CH2-OH}$),
- le méthoxymétane qui est un éther ($\ce{CH3-O-CH3}$),
- le propanal ($\ce{CH3-CH2-CHO}$) qui est un aldéhyde,
- le propanone (ou acétone) qui est une cétones ($\ce{CH3-CO-CH3}$).
$\ce{C7H8O}$ correspond aussi bien à l'alcool benzylique qu'au 3-méthylphénol qui est un crésol, i.e. ce dernier est aussi un isomère de position avec le 2-méthylphénol qui est aussi un crésol.
Tautomérie
La tautomérie est un cas particulier de cette isomérie de fonction.
Définition
Deux tautomères sont deux isomères de fonction en équilibre entre eux, en règle générale par déplacement d'un atome d'hydrogène (proton : $\ce{H+}$) : l'interconversion s'appelle tautomérisation.
Ce processus intervient dans le comportement des acides aminés et des acides nucléiques.
La tautomérie, omniprésente en chimie organique, est associée à des molécules polaires et à des ions contenant des groupes fonctionnels au moins faiblement acides.
- Le plus souvent, les tautomères existent par paires.
- Le proton est localisée à l'une des deux positions.
La forme la plus courante est la transformation d'un groupement fonctionnel en un autre, le plus souvent par déplacement concomitant d'un atome d'hydrogène et d'une liaison π (liaison double ou triple) :
$\ce{H-X-Y=Z}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{X=Y- Z-H}$.
Exemples de tautomérie
On trouve, en général, les tautomères suivants.
1. Cétones/énol : $\ce{H-O-C=CH}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{ O=C-CH}$
La tautomérie céto-énolique se réfère à un équilibre chimique entre une forme céto ou keto, une cétone ($\ce{R-0=R'}$) ou un aldéhyde ($\ce{R-CH=0}$) et un énol (un alcool, $\ce{R-OH}$).
Un composé contenant un groupe carbonyle ($\ce{C=O}$) est normalement en équilibre rapide avec un tautomère énol, qui contient une paire d'atomes de carbone doublement liés adjacents à un groupe hydroxyle ($\ce{-OH}$), $\ce{C=C-OH}$.
- La forme cétole prédomine à l'équilibre pour la plupart des cétones.
- Néanmoins, la forme énol est importante pour certaines réactions.
L'intermédiaire déprotoné dans l'interconversion des deux formes, appelé anion énolate, est important dans la chimie du carbonyle ($\ce{C=O}$), en grande partie parce qu'il est un nucléophile fort (littéralement qui aime les noyaux, donc les charges positives), i.e. qui donne des électrons à un attaque (attiré par les charges négatives) pour former une liaison chimique.
2. Énamine/imine : $\ce{H2N-C=N}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{HN=C-NH}$
3. Amide/acide imidique : $\ce{H-N-C=O}$ $\leftrightharpoons$ $\ce{N=C-O-H}$, qui peut intervenir dns l'hydrolyse des nitriles ($\ce{R-C#N)}$
Un cas particulier est une tautomérisation cyclique lactame/lactime, qui a lieu dans :
- dans la 2-pyridone,
- des structures dérivées telles que les bases azotées (guanine, thymine et cytosine).
4. Acide aminé/carboxylate d'ammonium, qui s'applique aux blocs de construction des protéines.
Cette tautomérisation déplace le proton à plus de deux atomes, produisant un zwitterion plutôt que de déplacer une double liaison :
$\ce{NH2-CH-COOH}$ $\leftrightharpoons$$\ce{NH3^{+}-CH-CO2^-}$
5…
Mésomérie, prototropie et tautomérie
1. La mésomérie désigne la délocalisation d'électrons des doubles liaisons et celle des électrons non-liants des atomes comme O, N, les halogènes X... : on parle de mésomérie ou résonance dans les système conjuguées.
Un système conjugué est un système d'orbitales p connectées avec des électrons délocalisés dans des molécules qui sont classiquement représentées comme possédant des liaisons simples et multiples (liaison π) alternées.
- La conjugaison est le chevauchement d'une orbitale p avec une autre à travers une liaison σ intermédiaire, i.e. liaison chimique covalente créée entre deux atomes par recouvrement axial d'orbitales (dans les métaux de transition, les orbitales ds peuvent être impliquées).
- Les électrons pi n'appartiennent pas à une seule liaison ou à un seul atome, mais plutôt à un groupe d'atomes.
Dans la mésomérie, il n'y a pas de déplacement d'atome et on ne peut séparer deux formes mésomères.
Dans l'écriture standard, les formes mésomères sont reliées une flèche à double sens.
2. La prototropie est le déplacement d’un atome d’hydrogène au sein d’une molécule, d’un atome vers un autre.
La prototropie est la forme la plus commune de tautomérie qui peut être considéré comme un sous-ensemble du comportement acide/base, avec une même formule chimique et une même charge.
- pour les acides, protonation, i.e. addition d'un proton, formation d'un cation délocalisé et déprotonation à une position différente adjacente au cation ;
- pour les bases, déprotonation, formation d'un anion délocalisé (par exemple un anion énolate), protonation à une position différente de l'anion.
On peut trouver deux autres sous-catégories de tautoméries prototropiques :
- la tautomérie annulaire dans lequel un proton peut occuper deux positions ou plus d'un système hétérocyclique (1H-, 2H- et 4H- dans 1,2,4-triazole par exemple)
- la tautomérie anneau/chaîne lorsque le mouvement du proton s'accompagne d'un passage d'une structure ouverte à un anneau, i.e. passage de la chaîne linéaire au cycle pyranose ou furanose des oses.
Cette tautomérie anneau/chaîne est étudiée dans un chapitre spécial.
3. La tautomérie est donc, en général, et une mésomérie et une prototopie.
Remarque : une forme beaucoup plus rare est la tautomérie de valence dans laquelle des liaisons simples et/ou doubles se forment et se rompent rapidement, sans migration d'atomes ou de groupes .
- Elle implique des processus de réorganisation rapide des électrons de liaison, comme dans $\ce{C3H6O}$ dont les tautomères sont l'oxyde de benzène et l'oxépine.
- Dans ce cas, la tautomérie n'est pas une prototopie.
Isomérie d'insaturation
L'isomérie d’insaturation est une isomérie dans laquelle une insaturation est modifiée.
Par exemple, $\ce{C3H6}$ correspond aussi bien au cyclopropane qui est un cycloalcane qu'au propène (ou propylène) qui est un alcène (ouvert).