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Le complexe régulateur 19S (RP : Regulatory Particle) est formé de deux parties, la base et le " couvercle ", qui s'assemblent indépendamment avant de s'associer.
Ce mode d'assemblage a l'avantage de limiter des assemblages aberrants entre " couvercle " et base et, en outre, d'interdire des activités ATPasiques ou de désubiquitination avant que le protéasome soit entièrement achevé.
Si l'assemblage du coeur catalytique est assez bien connu, celui du complexe régulateur l'est beaucoup moins.
L'assemblage de la base est difficile à appréhender car les Rpt sont très proches dans leur structure : 120 arrangements différents pourraient être envisagés (Order of the proteasomal ATPases and eukaryotic proteasome assembly 2011).
L'assemblage du complexe héxamérique des 6 Rpt (et Rpn1) nécessite 4 protéines chaperons différentes chez les levures (ou les mammifères).
Cet assemblage s'effectue par trois modules différents (Order of the proteasomal ATPases and eukaryotic proteasome assembly 2011) :
La structure de ces RAC comprend des domaines d'interactions protéine/protéine qui reconnaîssent l'extrémité C-terminale du Rpt :
Comme pour les protéines chaperons du coeur catalytique, ces protéines ont pour rôle de prévenir un assemblage précoce avec le coeur catalytique par leur fixation sur les extrémités C-terminales des Rpt
1. Les complexes Rpt4/Rpt5/Nas2 et Rpt3/Nas6/Rpt6/Rpn14 s'associent en premier.
Cet ordre d'incorporation paraît le bon, du moins chez la levure (Heterohexameric Ring Arrangement of the Eukaryotic Proteasomal ATPases: Implications for Proteasome Structure and Assembly 2010).
Chez les Mammifères, il semble qu'on retrouve des complexes sans Nas2 (p27) avec Rpt4 et Rpt5 (Assembly pathway of the mammalian proteasome base subcomplex is mediated by multiple specific chaperones 2009 et Multiple proteasome-interacting proteins assist the assembly of the yeast 19S regulatory particle 2009.
2. Puis, ce complexe agrège le module Rpt1/Rpt2/Rpn1/Hsm3, en éliminant Nas2.
3. Quand le couvercle se fixe sur la base par Rpn12 (cf. plus bas) ou lors de la fixation de 19S sur le coeur catalytique 20S selon les auteurs, les autres chaperons (Hsm3, Nas6 et Rpn14) se dissocient.
Deux autres molécules peuvent intervenir pour faciliter l'assemblage.
Il semble que le coeur catalytique puisse servir de protéine chaperon ou d'échafaudage (scaffold protein) pour la formation de la base (Molecular Architecture and Assembly of the Eukaryotic Proteasome 2013).
Rpn15, appelé aussi DSS1 chez les Mammifères et Sem1 chez la levure, participe à l'assemblage de l'ensemble du " couvercle " (lid), mais n'est pas indispensable dans le protéasome mature (The Intrinsically Disordered Sem1 Protein Functions as a Molecular Tether During Proteasome Lid Biogenesis 2014).
1. Le module 1 est formé par Rpn5, 6, 8, 9 et 11 : les étapes d'incorporation des différentes sous-unités ne sont pas claires (Dissection of the assembly pathway of the proteasome lid in Saccharomyces cerevisiae 2010). Il semblerait que Rpn6 se lie en dernier.
2. Sem1 se lie d'abord à Rpn3, puis à Rpn7, par les sites acides situés de chaque côté de cette protéine : ce module 2 prend une forme de fer à cheval et est nommé LP3 (Lid Particle 3).
3. LP3 se lie au module 1 pour former LP2.
4. LP2 peut alors se lier à Rpn12 pour former le " couvercle " (lid).
Rpn12, par son extrémité C-terminale, permet la liaison du " couvercle " à la base (Incorporation of the Rpn12 subunit couples completion of proteasome regulatory particle lid assembly to lid-base joining 2011).
Toutefois, un complexe comprenant un couvercle complet lié à Rpt3, Rpt6, Rpn2, et la désubiquitinase Uch37 a été observé (Subcomplexes of PA700, the 19 S regulator of the 26 S proteasome, reveal relative roles of AAA subunits in 26 S proteasome assembly and activation and ATPase activity 2009).
Pour l'instant, le processus intime est encore largement inconnu.
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