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Fusion membranaire
Rapprochement des membranes (2)
Complexe trans-SNARE

Sommaire
définition

Lors de la fusion membranaire, les protéines v-SNARE (v pour vésiculaire) et les protéines t-SNARE (t pour target, cible), localisées sur des membranes séparées, forment un assemblage progressif en forme de fermeture éclair de quatre domaines SNARE, en général un de chaque sous-famille (Qa/Qb/Qc et R), formant le complexe trans-SNARE.

  • Le complexe SNARE est aussi appelé SNAREpin en anglais.
  • Lors de la fusion, les complexes trans-SNARE passent en position cis, i.e. complexes cis-SNARE dans lesquels toutes les protéines SNARE sont positionnés sur la même membrane.

La fusion membranaire est une série d'événements, dont certains très énergétiques, qui nécessite (SNARE complex assembly and disassembly 2018) :

attention

Par souci de simplicité et de clarté, les résultats sont généralement interprétés en supposant que les SNARE sont les seules forces motrices de la fusion, i.e. en faisant abstraction des interactions des SNARE avec d'autres protéines comme les protéines Sec1/Munc18-like (SM), les petites GTPases Rab et les protéines d'arrimage (tethering protein)

Composants du complexe trans-SNARE

Dans le milieu cellulaire, les protéines SNARE sont généralement conservées dans des compartiments séparés et dans des conformations inactives pour prévenir prématurément des événements de fusion inopportuns (loupe régulation des protéines SNARE).

R-SNARE et Q-SNARE
R-SNARE et Q-SNARE
(Figure : vetopsy.fr d'après Baker et coll)

1. L'assemblage du complexe trans-SNARE nécessite plusieurs protéines SNARE, i.e. trois ou quatre, nécessaires à la formation du faisceau de 4 hélices α issues des domaines SNARE pour former un motif coiled-coil.

bien

La formation du complexe trans-SNARE hautement stable s'accompagne d'une libération d'énergie qui est utilisée pour rapprocher les membranes (Membrane Fusion Intermediates via Directional and Full Assembly of the SNARE Complex 2012).

2. Une SNARE est de la famille v-SNARE localisée dans la membrane du compartiment donneur.

Ces v-SNARE sont la plupart des R-SNARE comme les VAMP qui interviennent dans un grand nombre de fusion du système endo-lysosomal, des vésicules sécrétoires dérivées de l'appareil de Golgi et des vésicules synaptiques.

Cependant, on trouve aussi des Q-SNARE, comme Bet1, BET1L, ou Silt1/Use1.

Structure des protéines SNARE
Structure des protéines SNARE
(Figure : vetopsy.fr d'après Hong et Lev)

3. Deux ou trois SNARE sont de la famille t-SNARE et sont localisées dans la membrane du compartiment accepteur, comme par exemple.

Ces t-SNARE sont la plupart des Q-SNARE qui comprennent :

Certains R-SNARE comme Ykt6 et Sec22 peuvent se localiser en position c.

Les SNAP, à 2 domaines SNARE sont des Qb/c SNARE, i.e. elles contribuent à deux hélices du complexe SNARE.

4. Une SNARE donnée peut participer à plusieurs complexes distincts.

Localisation des SNARE mammaliennes
Localisation des SNARE mammaliennes
(Figure : vetopsy.fr)

Interactions des SNARE dans le complexe trans-SNARE

L'interaction des SNARE les unes avec les autres conduit à la formation spontanée de complexes trans-SNARE hautement stables, grâce à l'enroulement de 4 domaines hélicoïdaux, i.e. domaines SNARE, qui rapproche les compartiments l'un de l'autre pour la fusion (The Multifaceted Role of SNARE Proteins in Membrane Fusion 2017 et SNARE machinery is optimized for ultrafast fusion 2019).

bien

Les protéines SNARE sont essentiellement des tiges élastiques α-hélicoïdales, qui peuvent transmettre la force mécanique sur les membranes et ainsi perturber leur bicouche.

Quelques exemples de domaines SNARE
Quelques exemples de domaines SNARE
(Figure : vetopsy.fr)
  • 1. Les résidus d'acides aminés en interaction qui zippent le complexe SNARE peuvent être regroupés en couches.

Chaque couche est composée par 4 acides aminés, un pour chacune des hélices α, i.e. résidu A et D de chaque répétition (loupe couches du domaine SNARE).

Couche 0 du complexe SNARE neuronal
Couche 0 du complexe SNARE neuronal
(Figure : vetopsy.fr d'après Sutton et coll)

Au centre du complexe se trouve la couche ionique zéro composée d'un résidu d'arginine (R) et de trois résidus de glutamine (Q).

Le groupe guanidino [-NH-C(=NH)-NH2] chargé positivement du résidu arginine (R) interagit avec les groupes carboxyles [R-C(=O)-OH] chargés nédativement de chacun des trois résidus glutamine (Q).

Les 4 acides aminés sont disposés de manière asymétrique dans la couche et leurs interactions assurent la stabilité de la couche.

  • L'extrémité de la chaîne latérale arginine se situe au centre de l'asymétrie et les groupes amino forment des liaisons hydrogène avec les trois résidus glutamine.
  • Ainsi, l'ajustement stérique et électrostatique forme une couche ionique 0 (zero ionic layer).

2. La couche ionique zéro est complètement enfouie dans les couches qui la bordent et qui forment une glissière à leucine (leucine zipper).

Ces couches bordant la couche 0 agissent comme un joint étanche pour protéger les interactions ioniques du solvant environnant, i.e. l'eau.

Remarque : Munc18-1, Munc13-1, la complexine-1 et probablement la synaptotagmine-1 contribuent au maintien des complexes trans-SNARE assemblés, même en présence de NSF/α-SNAP (loupe désassemblage et complexes SNARE impropres).

Formation du complexe trans-SNARE

Complexe de fusion membranaire
Complexe de fusion membranaire
(Figure : vetopsy.fr d'après Grubmüller et coll)