• Comportement du chien et
    du chat
  • Celui qui connait vraiment les animaux est par là même capable de comprendre pleinement le caractère unique de l'homme
    • Konrad Lorenz
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    sciences en général
  •  Le but des sciences n'est pas d'ouvrir une porte à la sagesse infinie,
    mais de poser une limite à l'erreur infinie
    • La vie de Galilée de Bertold Brecht

Domaines protéiques
Répétitions

Sommaire
définition

Dans une protéine, une répétition est un bloc de séquence peptidique reproduit plus d'une fois dans l'ensemble de la séquence de la protéine, à l'identique ou de manière très semblable.

Exemples de solénoïdes
Exemples de solénoïdes
(Figure : vetopsy.fr d'après Bubus12)

Vue d'ensemble

En général, ces répétitions contiennent de 30 à 40 résidus qui peuvent prendre une forme particulière, en particulier solénoïdale.

On peut trouver des répétitions plus courtes, mais qui ont une structure désordonnée. C'est le cas par exemple des :

Certaines répétitions ordonnées sont courtes comme par exemple :

Structure

Les domaines protéiques en solénoïdes se présentent sous deux formes :

  • les solénoïdes linéaires, ou ouverts, plus ou moins hélicoïdaux,
  • les solénoïdes circulaires, ou fermés.

Solénoïdes linéaires (ouverts)

définition

Un solénoïde ouvert est une structure protéique dont les répétitions N- et C-terminales n'entrent pas en interaction.

  • Ces solénoïdes sont en général en forme de banane, plus ou moins linéaires suivant le nombre de répétitions.
  • Ce nombre varie entre 2 à plus de 50.
Répétitions pentapeptidiques
Répétitions pentapeptidiques
(Figure : vetopsy.fr d'après Bubus12)

On retrouve ces structures dans :

Les classes les plus abondantes de protéines comportant des répétitions contiennent :

Les résidus d'interaction protéine/protéine, dispersés sur les deux protéines, sont rarement spécifiques à la répétition.

Exemples de solénoïdes
Exemples de solénoïdes
(Figure : vetopsy.fr d'après Bubus12)

Les extrémités N-terminale et C-terminale peuvent être allongées par de nouvelles répétitions ou raccourcies par l'élimination de certaines d'entre elles, sans que cela ait un impact significatif sur la stabilité de l'ensemble du domaine (Evolution of protein structures and functions 2002).

Solénoïdes circulaires (fermés)

définition

Un solénoïde fermé est une structure protéique dont les répétitions N- et C-terminales entrent en interaction.

  • Ces solénoïdes sont circulaires, en forme de roue.
  • Ce nombre varie entre 4 et 75.

Ces répétitions comprennent :

Ces solénoïdes sont le plus souvent des modules d'interaction protéine/protéine, le plus souvent le site de liaison est situé sur l'axe du solénoïde.

Supra-domaines de motifs répétés

Certaines protéines contiennent des répétitions de domaines " normaux " en tandem pour former un structure fixe à fonction spécifique, i.e. qui n'est pas portée par le domaine individuel (Supra-domains: Evolutionary Units Larger than Single Protein Domains 2004).

On peut citer comme exemple le tandem de domaines BRCT (after the C-terminal domain of a breast cancer susceptibility protein) de la protéine BRCA (breast cancer 1) et MDC1 (mediator of DNA damage checkpoint protein 1).

Bibliographie
  • Lodish et coll - Biologie moléculaire de la cellule - De Boeck Supérieur, Saint-Laurent, 1207 p., 2014
  • Maillet M. - Biologie cellulaire - Abrégés de Masson, 512 p, 2002